El deseo de ennoblecer su linaje y dar cuenta de su poder social llevó a Francisco de los Cobos, secretario del rey Carlos V, a construir este enorme palacio.
El edificio fue erigido sobre el solar de un antiguo palacio paterno junto al que Cobos compró algunos edificios colindantes.

Nació así un inmueble de extraordinarias dimensiones, que fue trazado por el arquitecto Luis de Vega, que ya había construido a Francisco de los Cobos otro palacio en Valladolid.

Los anhelos de grandeza de Cobos culminarían con la construcción de su capilla funeraria, en la Iglesia del Salvador, que se encuentra a escasos pasos de este lugar y que estaba comunicada interiormente con este palacio.

La sobriedad de su fachada solo se ve interrumpida por la decoración de la cruz y las conchas, atributos de la Orden de Santiago a la que pertenecía Cobos.

El patio, que se sitúa sobre un antiguo cementerio judío, fue decorado por una bella fuente de piedra que le envió el embajador de Roma y que actualmente preside la plaza Vázquez de Molina.

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