San Juan de la Cruz, máximo exponente de la literatura mística española, llegó en 1591 al Convento carmelitano de San Miguel para intentar reponerse, según sus palabras “de unas calenturillas” que acabaron con su vida una fría madrugada de Diciembre de ese mismo año.

Una noche, dos años después, su cuerpo fue trasladado en secreto a Segovia. Este hecho inspiró a Cervantes, que estuvo viviendo en esa época como recaudador de impuestos en Úbeda, en el pasaje "aventura del cuerpo muerto" en el capítulo XIX de la primera parte de El Quijote.

Ante la enérgica protesta de la ciudad de Úbeda, se inició un litigio por la custodia de los restos de San Juan, que no se saldó hasta 1607, con la devolución a Úbeda de una parte del cuerpo.

Para albergar el sepulcro del santo se construyó en 1627 un Oratorio adosado al convento, que se convirtió en el primer templo del mundo edificado en su honor.
El convento alberga también un interesante museo en el que se pueden apreciar objetos relacionados con la vida y obra del autor de ‘Noche Oscura del Alma’, como los dos manuscritos sobre los procesos de beatificación y canonización del Santo, iniciados en esta misma ciudad a comienzos del siglo XVII.

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