Este templo constituye la muestra más ambiciosa de toda la arquitectura privada del siglo XVI en la ciudad. Se trata de un panteón que mandó construir Francisco de los Cobos, el más alto dignatario de la España imperial, para recibir sepultura en la que fue su ciudad natal. El carácter funerario del monumento lo descubrimos en su planta: a su cabecera circular, que sigue el modelo clásico del Panteón de Roma y en la que se enterraba a los nobles, se une una nave longitudinal que albergaba a los fieles, dando lugar a una estructura similar al cuerpo humano.

La Sacra Capilla del Salvador presenta una portada plateresca muy ornamentada en la que la Transfiguración de Jesús convive con escenas de tipo mitológico. Sobresalen aquí los "juancaballos", criaturas mitad humanas mitad caballo que aterrorizaron a la población ubetense en el Medievo. Era tal el temor ante sus ataques que fueron inmortalizados en esta fachada para suplicar protección divina. A partir del 2016, en el interior del templo podrás admirar el "San Juanito", la única escultura de Miguel Ángel expuesta en España, que fue destruida casi en su totalidad durante la guerra civil y ahora se muestra restaurada. "San Juan Bautista niño", nombre completo de la obra, fue donada por el duque de Florencia a Francisco de los Cobos como secretario de Carlos V.

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